Κάποτε η Κωπαΐς ήταν η μεγαλύτερη λίμνη της Ελλάδος. Πριν από 10 εκ. χρόνια κατά την γεωλογική εποχή της Πλειοκαίνου ένα τεκτονικό βύθισμα δημιούργησε το λεκανοπέδιο της Κωπαΐδος εκτάσεως 200 περίπου τετραγωνικών χιλιομέτρων. Με την τήξη των παγετώνων της Βουρμίου εποχής που σηματοδοτεί το τέλος της Πλειστοκαίνου περιόδου (περίπου 11.500 χρόνια πριν από σήμερα) ανεβαίνει η στάθμη των υδάτων της υδρογείου. Οι έντονες βροχοπτώσεις που ακολούθησαν κατά το διάστημα της μετα-παγετώδους εποχής, κατέκλυσαν το λεκανοπέδιο μετατρέποντάς το σε λίμνη. Η λίμνη περικλείετο από όρη συμπαγούς τιτανολίθου (είδος ασβεστολιθικού πετρώματος) ο οποίος στα περισσότερα σημεία διερράγη εξαιτίας των σεισμών. Σ΄ αυτές τις ρωγμές τα καταβυθιζόμενα ύδατα, διοχετεύοντο υπογείως και, ή εξαφανίζοντο στα έγκατα της γης ή ανέβλυζαν σε χαμηλότερα σημεία ως πηγές. Ορισμένα από τα υπόγεια ύδατα συγκοινωνούσαν με τις λίμες Υλίκη και Παραλίμνη και ένα άλλο μέρος διοχετεύετο στον κόλπο της Λάρυμνας του Ευβοϊκού.