Το σημερινό μουσείο αποτελεί το τρίτο στη σειρά, στη συγκεκριμένη θέση. Ήδη από το 1894 δημιουργήθηκε στη Θήβα μικρή αρχαιολογική συλλογή, στο κτήριο του υπάρχοντος τότε στρατώνα, δίπλα στον μεσαιωνικό πύργο. Οι αρχαιότητες που προήλθαν από τις περισυλλογές και τις πρώτες ανασκαφές, υπό την επιμέλεια του Π. Σταματάκη, στεγάστηκαν το 1905 στο ανεγερθέν, με δαπάνες της Αρχαιολογικής Εταιρείας, Αρχαιολογικό Μουσείο της πόλης, ένα μικρό διώροφο οίκημα, το οποίο προήλθε από την μετατροπή του υπάρχοντος στρατώνα. Την πρώτη έκθεση έστησε ο Αντώνιος Κεραμόπουλος.

Μέχρι το 1950, μια πλειάδα αρχαιολόγων πέρασε από τη Θήβα. Ξεχώρισε η μορφή του Χρήστου Καρούζου, που άφησε την σφραγίδα του με τον λαμπρό πρώτο «Οδηγό του Μουσείου της Θήβας» και εργάστηκε αποτελεσματικά για να περισωθούν οι αρχαιότητες του μουσείου στα χρόνια του πολέμου και της κατοχής.

Με την απελευθέρωση, το μικρό παλαιό μουσείο παρέμεινε για αρκετά χρόνια κλειστό και το 1950 αποφασίστηκε η κατεδάφισή του και η ανέγερση στη θέση του νέου και μεγαλύτερου. Την έκθεση του δεύτερου μουσείου επιμελήθηκε ο Ιωάννης Θρεψιάδης και εγκαινιάστηκε στις 9 Δεκεμβρίου 1962. Το δεύτερο αυτό μουσείο, με περιορισμένες κατά καιρούς αναδιατάξεις της έκθεσής του, διήνυσε πορεία 50 περίπου χρόνων, μέχρι το 2007, οπότε ενσωματώθηκε στο σημερινό Αρχαιολογικό Μουσείο Θηβών.

Η ανάγκη για ένα σύγχρονο μουσείο, αντάξιο της μακραίωνης βοιωτικής ιστορίας, οδήγησε στον εκσυγχρονισμό του προϋπάρχοντος κτηρίου και στην προσθήκη ενός νέου κτηρίου-επέκτασης. Το νέο κτήριο και η ενοποίησή του με το παλαιό, βασίστηκε στην μελέτη του αρχιτέκτονα Μιχάλη Σουβατζίδη. Στοιχείο ενοποίησης των δύο κτηρίων αποτελεί ένα εσωτερικό αίθριο. Το ενιαίο κτήριο και οι στοές που διαμορφώθηκαν, μία στο εσωτερικό του κτηρίου γύρω από το αίθριο, ως υπερυψωμένος διάδρομος, και τρεις στον αύλειο χώρο, αφενός δημιουργούν ένα σύνολο ποικίλο και ενδιαφέρον, αφετέρου συντελούν στον υπερδιπλασιασμό του εκθεσιακού χώρου, ο οποίος πλέον καλύπτει εσωτερικά 1.000 τ.μ., έναντι 613 του παλαιότερου. Σε αυτά προστίθενται εξωτερικά 1.390 τ.μ. ημι-υπαίθριοι εκθεσιακοί χώροι και 1.750 τ.μ. υπαίθριοι χώροι. Η ξεχωριστή και εντυπωσιακή αρχιτεκτονική του νέου κτηρίου ενέπνευσε και το λογότυπο του Μουσείου Θηβών.

Η μουσειολογική και η μουσειογραφική μελέτη, καθώς και η μελέτη για την ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου, που αποκαλύφθηκε κατά τις εκσκαφές του κτηρίου της επέκτασης, εκπονήθηκαν από το 2007-2010 με την στενή συνεργασία των υπεύθυνων Εφορειών Αρχαιοτήτων για τη Βοιωτία (τότε Θ΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων &  23ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, καθώς και της Διεύθυνσης Μουσείων του Υπουργείου Πολιτισμού). Η υλοποίηση του έργου της νέας έκθεσης του Μουσείου, από το 2011-2015, έγινε επίσης με την συνεργασία των ανωτέρω δύο Εφορειών Αρχαιοτήτων υπεύθυνων για την Βοιωτία.

Η μουσειολογική μελέτη καθόρισε την ερμηνευτική οπτική του μουσείου, και προέταξε τον αφηγηματικό και εκπαιδευτικό χαρακτήρα της έκθεσης, ο οποίος υποστηρίχθηκε, τόσο από την ανάπτυξη των εκθεμάτων στο χώρο, όσο κι από πλούσιο εποπτικό και ψηφιακό υλικό. Στο τρισδιάστατο ερμηνευτικό υλικό περιλαμβάνονται μακέτες αρχαιολογικών χώρων και μνημείων, πραγματικές και σχεδιαστικές αναπαραστάσεις και αποκαταστάσεις. Με τον συγκεκριμένο τρόπο επιτυγχάνεται η άμεση κατανόηση και ερμηνεία των εκθεμάτων από τους επισκέπτες.

Τρεις, αν και άνισοι σε έκταση, είναι οι βασικοί εννοιολογικοί άξονες, βάση των οποίων αναπτύσσεται η αφήγηση.

Ο βασικός 1^ος άξονας είναι «Η Βοιωτία στο χώρο και το χρόνο μέσα από τα υλικά κατάλοιπα του παρελθόντος», ο οποίος οδήγησε στην οργάνωση του αρχαιολογικού υλικού σε ευρείες χρονικές περιόδους και στην παρουσίαση πτυχών του πολιτισμού, μέσω μικρο-αφηγήσεων, που πλέκονται γύρω από ομάδες εκθεμάτων. Αυτός ο άξονας επεκτείνεται σε όλη τη διαδρομή  επίσκεψης και καθορίζει τη μουσειακή εμπειρία του επισκέπτη.

Οι δύο άλλοι εννοιολογικοί άξονες είναι «Μύθος και Βοιωτία» και «Η πνευματική ακτινοβολία της Βοιωτίας διαχρονικά», οι οποίοι εστιάζουν σε συγκεκριμένο θέμα και εμφανίζονται εμβόλιμοι στη γενική αφήγηση. Ως γενικό εισαγωγικό σχόλιο στον προθάλαμο, γίνεται μνεία στην ιστορία της αρχαιολογικής έρευνας στη Βοιωτία και στην ιστορία του Μουσείου.

Νέο σημαντικό στοιχείο της έκθεσης είναι ο διαχρονικός της χαρακτήρας, επιλογή που προκρίνεται πλέον στην πλειονότητα των νέων αρχαιολογικών μουσείων της Ελλάδας.

Στο πλαίσιο της έκθεσης, εντάσσονται αβίαστα η επίσκεψη στον σημαντικό αρχαιολογικό χώρο, που αποκαλύφθηκε στα θεμέλια του κτηρίου της επέκτασης, ορατό και μέσα από την έκθεση μέσω γυάλινου δαπέδου, ο οποίος περιλαμβάνει επάλληλες φάσεις της προϊστορίας, από το 2500 έως και τον 1200 π.Χ., καθώς και ο μεσαιωνικός πύργος των Σαιντ-Ομερ, που υψώνεται στην αυλή του Μουσείου, για πρώτη φορά επισκέψιμος, αποτελώντας δείγμα του φεουδαλικού συστήματος οργάνωσης, που αναπτύχθηκε στην περιοχή κατά τη φραγκοκρατία, τον 13ο αι. μΧ.

Η έκθεση περιέχει αρχαιότητες από παλαιότερες ανασκαφές και εμπλουτίζεται σε μεγάλο ποσοστό με νέα εκθέματα από τις πρόσφατες έρευνες. Μερικά από τα εκθέματα είναι μοναδικά στο είδος τους, όπως η συλλογή των σφραγιδοκυλίνδρων από το «Δωμάτιο του Θησαυρού» του μυκηναϊκού ανακτόρου της Θήβας, που προέρχονται από την Ανατολή, η ομάδα κοσμημάτων από λαζουρίτη λίθο, οι εμπορικοί ψευδόστομοι αμφορείς από την Κρήτη με επιγραφές στην Γραμμική γραφή Β, οι μοναδικές στην ηπειρωτική Ελλάδα πήλινες ζωγραφιστές λάρνακες της Τανάγρας, η ομάδα των επιτυμβίων στηλών από σκούρο βοιωτικό λίθο με υπέροχες εγχάρακτες μορφές πολεμιστών σε δράση εν ώρα μάχης, οι κούροι από το ιερό του Απόλλωνος στο όρος Πτώο, και η ομάδα των πώρινων επιτυμβίων θριγκών. Εκτός όμως από τα μνημεία της προϊστορίας και της ελληνικής αρχαιότητας, κατέχουν εξέχουσα θέση και τα υλικά κατάλοιπα της βυζαντινής περιόδου και των μετέπειτα αιώνων, φωτίζοντας άγνωστες μέχρι σήμερα πτυχές της ζωής της πόλης και της ευρύτερης περιοχής.

Η διάρθρωση της έκθεσης γίνεται σε 18 συνολικά ενότητες, 11 από τις οποίες ακολουθούν μια βασική χρονολογική ακολουθία, από την Παλαιολιθική περίοδο έως και τη δημιουργία του ελληνικού κράτους (αναφέρομαι στις ενότητες 3-14). Μέσω των εκθεμάτων των ανωτέρω ενοτήτων, παρουσιάζεται η ιστορία, ο πολιτισμός, η καθημερινή ζωή, η πολιτική και κοινωνική εξέλιξη στη Βοιωτία, μιας περιοχής με ιδιαίτερη ιστορική σημασία, λόγω της γεωγραφικής της θέσης και της γεωμορφολογικής της διάπλασης.

Ως εισαγωγή στον προθάλαμο, στην ενότητα 1, παρουσιάζεται η ιστορία της αρχαιολογικής έρευνας στη Βοιωτία από τον 19^ο αιώνα, και η ιστορία του Μουσείου. Εκθέματα της ενότητας αυτής αποτελούν έγγραφα αρχείου, αντικείμενα παλαιών ανασκαφών και φωτογραφικό υλικό. Παρουσιάζονται επίσης ταινίες μικρού μήκους με θέματα σχετικά με το μουσείο, όπως οι εργασίες της νέας έκθεσης, και στιγμιότυπα από εργασίες συντήρησης στο μουσείο και στον μεσαιωνικό πύργο.

Η ενότητα 2, είναι εξειδικευμένη και παρουσιάζεται εμβόλιμα στη γενική αφήγηση. Το θέμα της αφορά στα «Τοπία και τους Μύθους της Βοιωτίας». Σε αυτήν την ενότητα ο επισκέπτης ενημερώνεται σχετικά με το γεωγραφικό χώρο, το φυσικό περιβάλλον και το πλούσιο μυθολογικό παρελθόν της Βοιωτίας (Κάδμος, η ιστορία του Οιδίποδα, ο Ηρακλής και ο Διόνυσος). Στην ίδια ενότητα και κατά μήκος του τοίχου, τοποθετείται η λεγόμενη «ροή του χρόνου», μία κατασκευή-χρονολόγιο, όπου γίνεται αναφορά στις ιστορικές περιόδους της Βοιωτίας. Την ενότητα συμπληρώνει μια διαδραστική εφαρμογή, το ψηφιακό χρονολόγιο, καθώς και δύο βίντεο με θέματα «Τα τοπία της Βοιωτίας» και «οι Μύθοι της Βοιωτίας». Εκτός από τα σχετικά με τους μύθους εκθέματα, υπάρχει και ένας τρισδιάστατος χάρτης της Βοιωτίας, με όλες τις σημαντικές αρχαίες πόλεις και περιοχές της.

Με την περιήγησή του στην ενότητα αυτή, ο επισκέπτης αντλεί τις πρώτες πληροφορίες για τον χώρο της Βοιωτίας, πριν από το συγκεκριμένο χρόνο που πραγματεύεται η κυρίως έκθεση, η οποία ανήκει στον 1^ο εννοιολογικό άξονα: «Η Βοιωτία στο χώρο και το χρόνο μέσα από τα υλικά κατάλοιπα του παρελθόντος».

Κατ΄αυτόν τον τρόπο, η  χρονολογική περιήγηση αρχίζει από την ενότητα 3, στην οποία παρουσιάζονται τα εκθέματα που αφορούν στα πρώτα υλικά ευρήματα από την αυγή του Πολιτισμού στη Βοιωτία, την Παλαιολιθική (από 33.000-6.800 π.Χ. ) και την Νεολιθική περίοδο (από 6.800-3.200 π.Χ.). Αναπτύσσεται σε δύο μεγάλες εκθεσιακές επιφάνειες, μία με πολυποίκιλα ευρήματα και μία με εποπτικό υλικό.

Η ενότητα 4 είναι αφιερωμένη στην Πρώιμη και Μέση Εποχή του Χαλκού (3200-1700 π.Χ.). Επίσης παρουσιάζεται η γένεση του μυκηναϊκού πολιτισμού (1700-1400 π.Χ.). Περιλαμβάνει μεγάλη ποικιλία εκθεμάτων, όπως μικρά ειδώλια, κοσμήματα, εργαλεία και αγγεία.

Η ενότητα 5 (1400 π.Χ.-1200 π.Χ), με δεδομένη την σημασία της Θήβας κατά την μυκηναϊκή περίοδο, αποτελεί μία από τις σημαντικότερες του Μουσείου. Σε αυτήν παρουσιάζεται η οργάνωση του Μυκηναϊκού ανακτόρου των Θηβών στους τομείς της διοίκησης, οικονομίας, λατρείας, καθημερινής ζωής και των τεχνών. Παρουσιάζονται αναπαραστάσεις τοιχογραφιών σε φυσικό μέγεθος από τις ακροπόλεις του Γλα, του Ορχομενού και των Θηβών, ενώ οι γραπτές ταφικές λάρνακες της Τανάγρας, κατέχουν εξέχουσα θέση στο κέντρο της αίθουσας. Η ενότητα υποστηρίζεται επιπλέον με την προβολή ολιγόλεπτου βίντεο για την Μυκηναϊκή αρχιτεκτονική, και με διαδραστική εφαρμογή για τον γραφέα της Γραμμικής γραφής Β.

Η ενότητα 6 παρουσιάζει ευρήματα της Πρωτογεωμετρικής και Γεωμετρικής περιόδου (1050-700 π.Χ.). Στις προθήκες εκτίθενται κυρίως αγγεία αλλά και όπλα, κοσμήματα, αντικείμενα μεταλλοτεχνίας. Ξεχωρίζει η τελετουργική πυρά του ιερού του Ηρακλή στη Θήβα. Η ενότητα υποστηρίζεται και από μια διαδραστική εφαρμογή για τον κεραμέα και αγγειογράφο της γεωμετρικής περιόδου.

Η ενότητα 7 περιλαμβάνει τα ευρήματα της Αρχαϊκής Περιόδου (700-480 π.Χ.). Ο 6^ος αι. π,Χ. αποτελεί εποχή ανάπτυξης για τις τέχνες και την οργάνωση των πόλεων κρατών. Από άποψη αριθμού εκθεμάτων η ενότητα αυτή είναι ιδιαιτέρως πληθωρική. Μεταξύ των εκθεμάτων περιλαμβάνονται και τα αγάλματα των κούρων, ενώ ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η ενότητα του πολέμου, αλλά και τα βοιωτικά κοροπλαστικά εργαστήρια, που χαρακτηρίζονται από τη συχνή και πρωτότυπη απεικόνιση ανθρώπων σε σκηνές καθημερινής ζωής.

Στην ενότητα 8 παρουσιάζονται τα εκθέματα της Κλασικής Περιόδου (479-323 π.Χ.), μίας από τις πλέον πλούσιες, τόσο σε αριθμό και ποιότητα ευρημάτων, όσο και σε ιστορικά γεγονότα. Η κλασική περίοδος χαρακτηρίζεται από τον συνεχή ανταγωνισμό Αθήνας-Σπάρτης, αλλά και Θήβας-Αθήνας. Σηματοδοτείται από την ίδρυση του Βοιωτικού Κοινού και την Θηβαϊκή ηγεμονία (371-364π.Χ.), και κλείνει με την εμφάνιση των Μακεδόνων στο προσκήνιο, όταν στη μάχη της Χαιρώνειας οι συνασπισμένοι Βοιωτοί και Αθηναίοι νικήθηκαν από τους Μακεδόνες του Φιλίππου Β΄. Παρά τα συχνά πολεμικά γεγονότα, η κλασική περίοδος  χαρακτηρίζεται από το απαράμιλλα υψηλό επίπεδο της τέχνης σε κεραμική, γλυπτική και μικροτεχνία. Η ενότητα υποστηρίζεται με βίντεο, με θέμα την Κλασική πόλη.

H ενότητα 9 περιλαμβάνει εκθέματα που αφορούν στην Ελληνιστική Περίοδο (323-31 π.Χ.). Η αρχή των ελληνιστικών χρόνων βρίσκει τη Θήβα κατεστραμμένη από τον Μέγα Αλέξανδρο, ενώ ο Ορχομενός, οι Θεσπιές και οι Πλαταιές, πόλεις που η ίδια είχε καταστρέψει, επανοικίσθηκαν από τους Μακεδόνες και αναπτύχθηκαν εκ νέου. Στην ενότητα αυτή γίνεται ειδική αναφορά στις νέες μορφές εξουσίας, στα ελληνιστικά βασίλεια και το θεσμό της πόλης, στις ομοσπονδίες, στις σχέσεις των Μακεδόνων και των Ρωμαίων με την Βοιωτία έως τον 1^ο αι. π.Χ., στη ζωή των δούλων, όπως και στην οργάνωση της ελληνιστικής οικίας, η οποία υποστηρίζεται με διαδραστική εφαρμογή. Τα εκθέματα που συγκροτούν την ενότητα είναι ποικίλα: αγγεία, κοσμήματα, γλυπτά, επιγραφές, τα γνωστά ειδώλια της εποχής, οι λεγόμενες «ταναγραίες», καθώς και ένα τμήμα από ζωγραφιστό δάπεδο με παράσταση αυλητή, νικητή σε μουσικούς αγώνες. Την ενότητα εμπλουτίζει και μια μακέτα ενός «μακεδονικού τύπου» μνημειακού τάφου από την αρχαία Τανάγρα.

Στην ενότητα 10 περιλαμβάνονται τα εκθέματα της Ρωμαϊκής περιόδου (31 π.Χ.-330 μ.Χ.). Οι πόλεις της Βοιωτίας διατήρησαν ένα βαθμό αυτοδιοίκησης, προσαρμόζοντας όμως τους θεσμούς στους νόμους και τη διοίκηση της αυτοκρατορίας. Κυρίαρχα εκθέματα της ενότητας είναι ο ανδριάντας του αυτοκράτορα Αδριανού  από την Κορώνεια, ένας μεγάλος χάλκινος λουτήρας, αγάλματα από το ιερό της Αυλιδείας Αρτέμιδος και τα πρωτοεμφανιζόμενα αγγεία από φυσητό γυαλί. Επίσης,  μία επιτύμβια στήλη με το ζωγραφικό πορτραίτο του νεκρού, το όνομα του οποίου ήταν «ΘΕΟΔΩΡΟΣ».

Η ενότητα 11 περιλαμβάνει τα εκθέματα των πρωτοβυζαντινών χρόνων (324-565 μ.Χ.). Η Βοιωτία, περιοχή ακμάζουσα και πυκνοκατοικημένη, υπάγεται διοικητικά στην επαρχία Αχαΐας. Η καλλιέργεια της γης αποτελεί την κύρια απασχόληση των κατοίκων της, ευνοείται η άνθηση του εμπορίου, ενώ σταδιακά επικρατεί η χριστιανική θρησκεία. Τα αντικείμενα της ενότητας είναι κυρίως μέρη γλυπτού αρχιτεκτονικού διακόσμου από χριστιανικά κτήρια. Το πλέον σημαντικό έκθεμα και ένα από τα πιο σημαντικά του Μουσείου, είναι το ψηφιδωτό δάπεδο διαστάσεων 6.50Χ3.50 μ., με τις προσωποποιήσεις των τεσσάρων μηνών και σκηνή κυνηγιού, το οποίο υπογράφουν ο Δημήτριος και ο Επιφανής, επικεφαλής ενός οργανωμένου και ακμαίου εργαστηρίου ψηφοθετών. Το πλούσιο εποπτικό υλικό της ενότητας περιλαμβάνει προβολή σε οθόνη μεγάλων διαστάσεων εικόνων από τα ψηφιδωτά της Βοιωτίας, καθώς και μία διαδραστική εφαρμογή για τον ψηφοθέτη.

Η ενότητα 12 περιλαμβάνει τα εκθέματα των Μεσοβυζαντινών Χρόνων (μέσα 9^ου αιώνα- 1204 μ.Χ.). Μετά το τέλος της θρησκευτικής έριδας της Εικονομαχίας, το Βυζάντιο περιορίζεται στις ανατολικές επαρχίες και αποκτά μεγαλύτερη ομοιογένεια. Η Βοιωτία υπάγεται στην μεγάλη διοικητική περιφέρεια του «Θέματος της Ελλάδος» και πρωτεύουσα ορίζεται η Θήβα, η οποία αναδεικνύεται και σε εκκλησιαστική μητρόπολη. Στη Βοιωτία διατηρείται μεγάλος αριθμός μοναστικών συγκροτημάτων και εκκλησιών. Την ακμή της βυζαντινής τέχνης σηματοδοτούν ο ναός της Παναγίας Σκριπούς στον Ορχομενό, η Μονή του Οσίου Λουκά, εγγεγραμμένη σήμερα στον Παγκόσμιο Κατάλογο της Πολιτιστικής Κληρονομιάς της Unesco. Γίνεται ειδική αναφορά στην πόλη της Θήβας και σε άλλους σύγχρονους με αυτήν οικισμούς, τόσο όσον αφορά την οργάνωση και την δομή τους, όσο και την καθημερινή ζωή και το εμπόριο. Παρουσιάζεται η διοίκηση, το φημισμένο εμπόριο των μεταξωτών, τα έργα υποδομής του Επισκόπου Καλοχτένη, αλλά και η καθημερινή ζωή. Ένα βίντεο δείχνει την βυζαντινή πόλη και η ενότητα κλείνει με προβολή των βυζαντινών μνημείων της Βοιωτίας, σε ειδικά διαμορφωμένο  χώρο.

Η ενότητα 13 περιλαμβάνει τα εκθέματα που αφορούν στην περίοδο των Δυτικών Κυριάρχων στην Βοιωτία (1204-1460 μ.Χ.). Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1204, η Βοιωτία με τις γειτονικές Αττική και Μεγαρίδα, περιέρχεται στο κράτος που ιδρύει ο Φράγκος ιππότης Όθωνας ντε λα Ρος, γνωστό και ως Δουκάτο των Αθηνών, που με πρωτεύουσα τη Θήβα αναδεικνύεται σε ένα από τα σημαντικότερα κρατίδια του ελλαδικού χώρου. Το 1311 το Δουκάτο περιέρχεται στα χέρια των Καταλανών. Κατόπιν, το 1388 το Δουκάτο περιέρχεται στην φλωρεντινή οικογένεια των Ατζαγιόλι, οι οποίοι μεταφέρουν την πρωτεύουσά του στην Αθήνα μέχρι το 1460, οπότε οι Οθωμανοί καταλύουν οριστικά την μακρόχρονη παρουσία των Δυτικών στην περιοχή. Η Θήβα, Estives, γνωρίζει μεγάλη οικονομική και εμπορική ακμή. Παρουσιάζεται το Πάνακτον ως αντιπροσωπευτικό παράδειγμα οικισμού της Φραγκοκρατίας. Επίσης παρουσιάζονται θέματα οικονομίας, το εμπόριο και η βιοτεχνική παραγωγή, που αντανακλούν την οικονομική ευμάρεια της περιοχής, καθώς και λειτουργικά σκεύη του ορθόδοξου και του καθολικού δόγματος, τα οποία συνυπάρχουν. Η Ενότητα τελειώνει με εκθέματα σχετιζόμενα με την καθημερινή ζωή.

Η ενότητα 14, η οποία είναι και η καταληκτική όσον αφορά τη διαχρονική αφήγηση της Έκθεσης, περιλαμβάνει τα εκθέματα που σχετίζονται με την περίοδο της Τουρκοκρατίας στη Βοιωτία (1460-1830 μ.Χ.). Η Βοιωτία προσαρτάται στους Οθωμανούς το 1460, υπαγόμενη στο σαντζάκι του Ευρίπου, μεγάλη διοικητική περιφέρεια με έδρα τη Χαλκίδα. Διαιρείται σε δύο μεγάλες διοικητικές περιφέρειες, τους λεγόμενους Καζάδες, της Ιστίβας (Θήβας) και της Λιβαδειάς. Κατά την Ελληνική Επανάσταση του 1821 η Βοιωτία βρίσκεται στο επίκεντρο των συγκρούσεων και το 1829, με τη μάχη της Πέτρας, απελευθερώνεται από τους Οθωμανούς. Στην ενότητα αυτή παρουσιάζονται αντικείμενα καθημερινής χρήσης, όπως κεραμικά σκεύη, σπαθιά, πίπες καπνού, η θρησκευτική ζωή των Ορθοδόξων Χριστιανών, οθωμανικές και εβραϊκές επιτύμβιες στήλες, και η άνθηση της μνημειακής ζωγραφικής με την Σχολή των Θηβών.

Η ενότητα 15 αποτελεί δεύτερη εξειδικευμένη εμβόλιμη ενότητα. Διατρέχει τον υπερυψωμένο διάδρομο-στοά γύρω από το αίθριο, και έχει ως θέμα την «πνευματική ακτινοβολία της Βοιωτίας από την αρχαιότητα έως και την σύγχρονη εποχή». Σε αυτήν παρουσιάζεται η πνευματική προσφορά της Βοιωτίας στην παγκόσμια κοινότητα, μέσα από παλαιά χαρακτικά, παλαίτυπα βιβλία και διαδραστική ψηφιακή προβολή, με αφιερώματα σε σημαντικές ιστορικές προσωπικότητες βοιωτικής καταγωγής, όπως ο Πλούταρχος, ο Πίνδαρος, η Κόριννα κ.ά., στους περιηγητές και σε άλλες προσωπικότητες που έδρασαν στο χώρο της Βοιωτίας από τον 14^ο έως τον 19^ο αιώνα, ή εμπνεύστηκαν από τη Βοιωτία, όπως φωτογράφοι του 20ου αι. Η ενότητα εμπλουτίζεται και με ένα βίντεο με θέμα «Η διαχρονική σημασία της Κωπαΐδας». Ιδιαίτερη αναφορά γίνεται στην συμβολή της Βοιωτίας στο αρχαίο δράμα με τον Θηβαϊκό μυθολογικό κύκλο, που ενέπνευσε τους τραγικούς ποιητές του 5^ου αι. π.Χ., καθώς οκτώ από τις σωζόμενες έχουν ως υπόθεση θηβαϊκούς μύθους: οι Επτά επί Θήβας του Αισχύλου, η Αντιγόνη, ο Οιδίπους Τύραννος και ο Οιδίπους επί Κολωνώ του Σοφοκλή, ο Ηρακλής Μαινόμενος, οι Βάκχες, οι Ικέτιδες και οι Φοίνισσες του Ευριπίδη. Παρουσιάζονται αρχαιολογικά ευρήματα σχετικά με το θέατρο (μάσκες, ειδώλια ηθοποιών κ.α.), χρησιμοποιείται πλούσιο εποπτικό υλικό, προβάλλονται αποσπάσματα από σύγχρονες παραστάσεις αρχαίου δράματος και εκτίθεται ένα σύγχρονο θεατρικό κοστούμι από τραγωδία του θηβαϊκού κύκλου.

Η Ενότητα 16 περιλαμβάνει τον σημαντικό προϊστορικό αρχαιολογικό χώρο, που αποκαλύφθηκε  στα θεμέλια του κτηρίου της επέκτασης, ορατό και μέσα από την έκθεση μέσω γυάλινου δαπέδου, στην ενότητα 7.Ο στεγασμένος αρχαιολογικός χώρος είναι προσβάσιμος από τον εξώστη του αιθρίου, μέσω εξωτερικής κλίμακας. Περιλαμβάνει ένα αψιδωτό οικοδόμημα, που περιβαλλόταν από υψηλό και στιβαρό περίβολο, κατασκευασμένα από ωμόπλινθους, και ανήκε σε εύπορη οικογένεια, από τις σημαντικότερες του οικισμού (2.500 περίπου π.Χ.). Πάνω στα ερείπια της οικίας, ενταφιάστηκαν ομαδικά το 2300-2200 π.Χ., τουλάχιστον 12 άτομα, άντρες, γυναίκες και παιδιά, μαζί με χαρακτηριστικά κτερίσματα της εποχής, και ακολούθως όλη η περιοχή, μέσα και έξω από το μνημειώδες κτήριο, σφραγίστηκε με έναν μεγάλο τύμβο από στρώσεις ωμόπλινθων. Στη Μέση Εποχή του Χαλκού (2.000-1.700 π.Χ.) η περιοχή του τύμβου χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο, με κιβωτιόσχημους τάφους. Στους μυκηναϊκούς χρόνους (14^ος-13^ος ι. π.Χ.), τμήμα του οχυρωματικού τείχους που περιέβαλε την Καδμεία θεμελιώθηκε στην ίδια θέση, καταστρέφοντας μέρος του τύμβου. Στον αρχαιολογικό χώρο υπάρχει και μια διαδραστική εφαρμογή με οθόνης αφής, που δίνει στοιχεία για τις αρχαιότητες, καθώς και μια μακέτα με τις φάσεις χρήσης του χώρου.

Βγαίνοντας από την εσωτερική έκθεση του Μουσείου, ο επισκέπτης μεταβαίνει  στον αύλειο χώρο, στο περιστύλιο του οποίου αναπτύσσεται η ενότητα 17, με αγάλματα, ενεπίγραφες βάσεις, βωμούς ανάγλυφες επιτύμβιες και αναθηματικές στήλες, σαρκοφάγους, και αρχιτεκτονικά μέλη. Ανεξάρτητα από την καλλιτεχνική τους ποιότητα, εμπλουτίζουν τις γνώσεις μας για την ιστορία, τη δημόσια και ιδιωτική ζωή, καθώς και για την τέχνη στην αρχαία Βοιωτία. Ιδιαίτερα εντυπωσιακοί είναι οι λίθινοι επιτύμβιοι λέοντες και τα βάθρα των Ελικωνιάδων Μουσών, τα οποία είχαν αναθέσει οι Θεσπιείς  στο ιερό τους, στην ομώνυμη κοιλάδα.

Τέλος, ο μεσαιωνικός πύργος, αποτελεί την τελευταία ενότητα 18, που υψώνεται στην αυλή του Μουσείου. Κτίστηκε στο τέλος του 13^ου αιώνα από τον άρχοντα Νικόλαο Β΄ των Σαιντ Ομέρ, στην οικογένεια του οποίου είχε παραχωρηθεί ως προίκα από τους ηγεμόνες του Δουκάτου των Αθηνών η μισή πόλη της Θήβας. Αποτελεί το καλύτερο διατηρημένο τμήμα της μεσαιωνικής οχύρωσης της Θήβας, έχει ορθογώνια κάτοψη και το ύψος του φτάνει τα 14  μέτρα. Αρχικά διέθετε τρεις τουλάχιστον ορόφους, από τους οποίους σώζονται σήμερα οι δύο πρώτοι. Στο εσωτερικό του διαμορφώθηκε έκθεση για την ιστορία του και τους πύργους της Βοιωτίας. Ο πύργος στο τέλος του 19^ου αιώνα χρησιμοποιήθηκε ως φυλακή και στους τοίχους του ισογείου διατηρούνται χαραγμένα σχέδια και κείμενα των φυλακισμένων, όπου καταμετρούν την ποινή τους.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Θηβών το Μουσείο, μέσα από την επανέκθεσή του, έχει μεταβληθεί σε ένα πολυδύναμο οργανισμό της Εφορείας Αρχαιοτήτων Βοιωτίας, με ευρύ πεδίο δράσης, ώστε να ανταποκρίνεται στον εκπαιδευτικό και ψυχαγωγικό του ρόλο. Σε αυτό συμβάλλει και η υλοποίηση ποικίλων πολιτιστικών δράσεων στους χώρους του, αλλά και η διεξαγωγή εκπαιδευτικών προγραμμάτων σε ειδικά διαμορφωμένη αίθουσα, καθώς και η παροχή δανειστικού εκπαιδευτικού υλικού και αντιγράφων αρχαίων αντικειμένων, με τη μορφή αισθητικά άρτιων μουσειοσκευών, για σχολικές ομάδες.

Πλούσιο ενημερωτικό υλικό, φωτογραφίες και εικονική περιήγηση στις αίθουσες παρουσιάζονται στην ιστοσελίδα του Μουσείου Θηβών www.mthv.gr, ενώ ταινίες μικρής διάρκειας με ενημερωτικό και εκπαιδευτικό χαρακτήρα προβάλλονται στο youtube channel EFA VIOTIAS.

Το μουσείο είναι προσβάσιμο σε άτομα με κινητικά προβλήματα ή προβλήματα όρασης, και έχει προβλεφθεί ειδική απτική συλλογή και ξενάγηση σε απτική διαδρομή με επιλεγμένα εκθέματα. Με αυτόν τον τρόπο γίνεται προσπάθεια, το μουσείο να καλύπτει τις επιθυμίες ενός πολυδιάστατου κοινού με διαφορετικές απαιτήσεις και να αποτελεί μια συνολική εμπειρία γνώσης, αλλά και αξιοποίησης του ελεύθερου χρόνου.

Η νέα έκθεση, με τη δυναμική και την πρωτοτυπία που την χαρακτηρίζει, μπορεί να παίξει το ρόλο ενός χώρου παιδείας, αλλά και ψυχικής ανάτασης, έμπνευσης και πνευματικής απελευθέρωσης. Επίσης, συμβάλει στην καλλιέργεια της πολιτιστικής συνείδησης των κατοίκων της περιοχής, υπενθυμίζοντας τους την πολύπλευρη αξία των αρχαιοτήτων και την δυνατότητα αρμονικής συνύπαρξης με αυτά, στα πλαίσια των σύγχρονων ρυθμών ανάπτυξης. Επιπλέον, αποτελώντας τον κύριο πολιτιστικό πυρήνα της πόλης στην οποία ανήκει και σημαντικό πόλο έλξης επισκεπτών, παίζει σημαντικό ρόλο, τόσο στην ανάπτυξη της, όσο και στην ανάπτυξη της Βοιωτίας γενικότερα.